遗传咨询师审查遗传测试 |
基因检测在疾病的诊断和管理中起着越来越重要的作用。但是，基因检测经常被错误地排序，从而导致额外的成本，延迟的结果，诊断和治疗。疾病控制与预防中心在其2009年关于遗传性疾病基因测试最佳实践的建议中，确定在测试的分析前和分析后阶段比分析过程本身发生的错误更多。许多分析前错误是由于测试选择不当引起的。疾病预防控制中心建议实验室帮助客户选择合适的测试，并收集正确测试和结果解释所需的患者信息。在这项研究中，关注靶向药的肿瘤基因检测网重点介绍了参考实验室中的遗传咨询师如何通过进行分析前的遗传测试评估来减少不适当的医疗保健支出。
在美国使用的3,000个GC中，大约有9％在诊断实验室中工作。其余的91％在各种环境中工作，其中大部分医院和诊所都在工作。在美国，目前只有32个高度专业的硕士学位课程用于培训GC。此外，截至2007年，美国只有1100名医学博士临床遗传学家。由于遗传保健专业人员的人数很少，而且患者离三级保健中心也很近，因此许多人口无法获得遗传服务；因此，基因检测通常由初级保健提供者命令。学术家庭医学教育研究联盟理事会最近的一项研究发现，54％的学术家庭医生对可用的基因检测不了解，而43％的人仅对知识有一定了解。如果不熟悉基因测试的医疗保健提供者要求进行基因测试，则可能会增加这种测试的顺序错误的可能性。
对于家族性腺瘤性息肉病的17％的腺瘤性息肉病基因测试是不必要的。如果执行的测试不适合患者的临床症状或家族史，则会浪费医疗费用，在许多情况下，仍然需要执行医学指示的测试。这导致额外的测试成本以及可能的诊断和治疗延迟。GC或其他具有遗传学专业知识的卫生专业人员处于独特的位置，能够评估基因测试订单的临床适用性和成本效益。
商业实验室使用的GC通常参与基因测试的分析前和分析后过程，以支持实验室及其客户。在分析前阶段，他们与实验室的研发团队合作，以考虑新测试，帮助确定提供新测试的最具成本效益和临床上有用的方法，并开发教材和测试算法。实验室中的GC还有助于解释测试结果，从而参与了测试的分析后过程。GC会联系订购HCP来解释复杂的结果，为与实验室联系的医疗服务提供者回答问题，并协助医疗服务提供者确定何时进行其他测试可能有助于进一步阐明患者的诊断。通过分析前测试审查来鉴定基因测试错误的任务不仅应指定给实验室GC，还应由GC在推荐医院或付款人组织中执行。本文介绍了关注靶向药的肿瘤基因检测网实施系统的分析前基因测试评估的经验成果。这项研究的目的是量化由GC改变的分子遗传学检测的数量，确定哪些检测最有误序，并估计由于取消错误的检测而可能给卫生保健系统节省的成本。
国家参考实验室联合区域大学病理学家实验室聘用的七个GC对内部执行的大多数复杂种系分子遗传测序和删除/复制测试的每日测试订单进行了预分析评估。此数据集不包括细胞遗传学，基因组微阵列和大多数生化基因检测，因为这些检测的分析前检测审查是使用不同的方案启动的。由于B珠蛋白和连接蛋白26基因测序测试，在开始测试之前不会常规检查这些命令；因此，它们不包括在此分析中。收到复杂的分子生殖系测试订单后，将遵循常规的ARUP程序进行样品加入和订单处理，并将测试添加到实验室工作清单中。实验室技术人员确定了需要由GC进行分析前评估的测试订单，并将样品编号输入到案例管理软件程序中进行GC审查。
GC检索了订购时提交的所有文书的扫描图像。此类文件可能包括测试申请，ARUP特定于测试的“患者病历表”，其中详细列出了相关的临床和家族病史，家族谱系之前对患者或家属进行的测试结果。GC还使用患者的姓名和人口统计信息在ARUP的待决和已完成测试的内部数据库中进行搜索，以查看先前为该患者执行的测试结果，并尝试识别重复的测试订单。
HCP提交的临床信息，相关的患者人口统计信息以及以前的测试结果被用来确定所订购测试的临床效用和成本效益。使用具有疾病特定标准的标准化ARUP协议进行基因测试审查，以评估每个订单的适当性。该协议是由ARUP的GC使用常见测试顺序错误，特定测试的临床效用和性能特征以及已发布的测试准则的先验知识创建的。确定测试订单是否适当的主题包括：当多种测试适用于所提出的临床问题时，选择最具成本效益的测试方法，审查以前的测试结果，以避免重复测试，并确认测试顺序合理，确定可能与订购的测试相混淆的其他测试，并根据患者的年龄，性别，种族，临床情况，确认订购的测试是适当的发现和家族病史，并应用提供测试策略的专业或共识性准则。在实验室中开发新的测序删除/重复测试时，GC会更新协议，以包括评估新测试的标准。针对血友病A的疾病特定评估标准的示例。
如果需要更多信息来进行基因测试订单的评估，GC将联系推荐实验室以请求订购HCP的联系信息。如果推荐实验室能够提供HCP的联系信息并允许ARUP直接联系其临床医生，则GC将致电HCP澄清所需的测试或根据所提供的信息建议替代测试。不太常见的是，转诊实验室更倾向于促进与其HCP的所有沟通。因此，ARUP的GC将向转诊实验室的工作人员传达对其他临床信息的需求。如果测试订单似乎适合临床情况，GC在内部数据库中记录了临床和家族史信息，并通知实验室技术人员按要求进行测试。如果提供的信息表明订购的测试可能不是针对临床情况的最合适的测试策略，则GC将根据已建立的评估标准为HCP提出替代测试选择。如果HCP希望在与GC协商后修改测试顺序，则请求的测试更改也将在实施之前得到推荐实验室的批准。使用可编辑模板将测试变更请求记录在ARUP的实验室信息系统中，该模板允许GC使用ARUP测试代码和助记符定义特定的变更，授权变更的文档，根据请求的原因对每个更改进行分类，并记录由哪个GC进行评估。基因测试变更，错误排序，改进等的一般类别，以及特定的子类别。平均而言，GC每小时可以评估和实施任何必要的更改，进行三到四个基因测试。
在2010年4月至2011年12月的21个月中，使用CrystalReportDesigner软件从ARUPLIS中提取了有关GC促进的测试更改的数据，以识别GC测试更改模板中包含的特殊字符。单个GC进行了数据的追溯审核，以确保在所有GC审阅者中，根据更改的原因对测试更改的分类保持一致。进行了成本分析，以分析由于GC测试审查而导致的测试更改。这项研究将误诊检查定义为无法回答所提出的临床问题的检查。并不代表获得所需信息的最具成本效益的方法；是重复的；或由于收到损坏的标本而可能产生不确定的结果。如果执行错误的测试，将会导致医疗资源的浪费。这项分析专门针对在按要求处理测试顺序错误的情况下应转介给推荐实验室的金额。未考虑由于GC促进的测试变更而产生的非金钱利益，例如患者护理的改善或更及时的诊断。转诊实验室节省的成本是通过加上与错误排序的测试相关的测试费用来计算的。如果取消的测试无法提供所需的信息，则与不正确的测试相关的所有费用都将计入成本节省计算中。如果错误顺序涉及取消测试，因为它不是获取所需信息的最经济有效的方法，则可通过减去费用来计算节省的费用。有效的测试费用由最初要求的测试费用决定。关注靶向药的肿瘤基因检测网的成本分析未考虑归类为“改进”或“其他”的测试变更的货币影响，因为这种变化不被认为是会导致医疗资源浪费的错误。因此，关注靶向药的肿瘤基因检测网的成本分析并未反映出分析前GC测试评估对ARUP推荐实验室的净财务影响。根据犹他大学IRB委员会的定义，该研究无需进行IRB审查。
在21个月的研究期内，GC审查平均每月可促进99个分子测试的变化。GC审查后，评估种系突变的复杂分子遗传学测试的所有请求中约有26％发生了变化。测试更改分为错误顺序，改进或其他类型的修改。关注靶向药的肿瘤基因检测网确定错误排序的测试分为八个子类别，列出了它们的相对频率。在这项研究中记录的所有错序中，有32％导致取消了错误的测试并下达了替换测试的命令。一个示例包括，当所需的测试实际上是一个具有相似名称，遗传性血色素沉着病的疾病的突变组时，取消针对遗传性出血性毛细血管扩张的ACVRL1和ENG基因测序的测试命令。
22％的错误测试导致取消测试，而没有订购替代测试。一个例子是，当HCP打算订购需要与接收到的样品类型不同的因子VIII和IX活性测试时，要求对F8和F9基因进行测序，以确认可疑的血友病诊断。在错误排序的测试中，有16％的人在突变面板更合适的情况下进行了全基因测序。最常见的例子是，在产科患者中错误地订购了囊性纤维化跨膜调节剂基因序列，以进行常规载体筛选。美国医学遗传学学院建议为接受常规囊性纤维化人群筛查而不是完整基因测序的无症状产科患者提供23个突变检测小组。
在13％的失序中，当已知家族性突变时，需要进行全基因测序缺失/重复测试。当患者有显性疾病的家族病史，冯·希佩尔·林道综合征，林奇综合征或有可能成为X的携带者时，通常会发生这种失调相关疾病。实验室GC联系订购的HCP，以鼓励他们获得有关家族突变的必要文件，因此可以将靶向测试代替完整的基因测序缺失/重复测试。在11％的错误顺序中，如果未在ARUP上执行适当的测试，则错误地排列了ARUP测试的顺序。在这些情况下，GC会协助HCP选择正确的测试，并协调将样品发送到执行实验室。一个示例包括希望测试Charcot–Marie–Tooth1A型的HCP，这需要对PMP22基因的拷贝数进行分析，但需要订购LMNA基因测序，以检测与CMT2B1型相关的突变。最后，错误订单的5％与重复的测试订单有关。基因检测很少需要重复。观察到的几乎所有重复测试订单不是有目的的，而是由于订单错误。的这样一个例子是用于ARUP的遗传性胰腺炎面板的顺序，其中包括的测序CFTR，PRSS1，和SPINK1，当CFTR先前已经测序，无论是在ARUP或外部实验室。在这种情况下，小组被取消，仅对两个先前未分析的基因进行了序列分析。
当订购的HCP未能最初订购最敏感或最具成本效益的测试，先前的测试未能提供诊断或HCP要求进行额外的测试时，被归类为改进的34％的测试更改涉及添加测试。被归类为“其他”的5％的测试修改涉及的活动通常不涉及增加测试或将一个测试替换为另一个测试，但对整个测试过程很重要。这些变化包括：更正患者标识符以确保准确报告；如果未记录知情同意，则取消对预测性亨廷顿病测试的要求；如果第一个样本不理想，则要求提供其他样本。
按取消的测试次数排列的前5个最常见的错误排序测试。每个测试类别的取消百分比在第3栏中详细说明。为了进行比较，除CF32突变面板外，所有CF测试均合并为一个代表性的测试类别：“囊性纤维化”，将五个可用的林奇综合症基因测试合并为一个组：“林奇综合症”。囊性纤维化的误检数量最多，这主要是由于订购的CF检查量很大。a珠蛋白测序和神经纤维瘤病缺失/重复分析的测试失误比例最高。取消误诊检查后，转诊机构平均每月可节省医疗费用48,000美元，在研究过程中总计节省近120万美元。每次错序测试平均可节省792美元。
多项研究表明，实验室测试顺序错误是常见的。关注靶向药的肿瘤基因检测网的研究通过证明在21个月内国家参考实验室中约有26％的复杂分子测试订单需要修改，来支持这些发现。测试变更分为错误顺序，改进或其他。错误排列的测试是那些不会回答提出的临床问题，不会回答但不是以最具成本效益的方式回答的问题，或者是重复的订单。由于与其他类型的实验室检测相比，分子生殖系测序和缺失/重复检测通常比较昂贵，因此即使总检测量相对较低，识别基因检测选择和排序错误的过程也可以节省大量成本。
最常见的测试组错误是囊性纤维化。典型的错误是要求进行CFTR基因测序，无论是否进行缺失/重复分析，而在产科患者中常规筛查携带者的突变小组是更合适的测试。根据关注靶向药的肿瘤基因检测网的经验，这种错误的原因通常是HCP与转诊实验室之间的沟通不畅。通过订购HCP使用预打印的请购单和特定的测试代码可能会改善这种沟通并减少这些错误。Alphaglobin基因测序是第二种最常见的失序测试。在a珠蛋白的情况下，大约90％的突变归因于七个常见的大缺失，阿尔法地中海贫血最好的一线分子检测通常是分析大的a珠蛋白基因缺失。但是，当提供者希望对常见的a珠蛋白基因缺失进行分析时，常常会错误地要求进行a珠蛋白基因测序。涉及a珠蛋白基因测序的极高顺序错误率可能涉及两个因素：HCP认为“测序”始终是最敏感和最有益的方法，并且测试名称包括“a地中海贫血”，这导致了工作人员如果HCP没有提供特定的测试代码，则转诊实验室会本能地将其选择为最佳匹配。
I型神经纤维瘤病的删除/重复分析是第三种最常见的失序测试，其取消百分比最高。关注靶向药的肿瘤基因检测网认为此错误是由ARUP引起的，这是由于提供测试的方式引起的。在本研究的时间范围内，ARUP实验室仅提供NF1缺失/重复分析，但GC审查确定，从业人员通常希望NF1基因测序比缺失/重复分析具有更高的临床敏感性。在这些情况下，将取消NF1删除/重复测试，并将样品转发到外部实验室进行NF1测序。林奇综合症测试是第四种最常见的失序测试。当本来可以进行免疫组织化学/微卫星不稳定性肿瘤检测的初筛时，HCP通常会命令对这四个基因进行检测。关注靶向药的肿瘤基因检测网还观察到，HCP错误地命令了Lynch相关基因的测试，而不是该家族中被证明是突变的基因，或者在需要针对家庭突变的目标测试时错误地要求进行完整的基因分析。多数订单错误似乎是由于HCP对Lynch综合征的测试指南缺乏了解。此外，林奇综合症测试中涉及的基因名称之间存在显着相似性，这可以预见的是，对于那些不定期处理该测试并且不熟悉这些基因的提供者，可能会造成混淆。
第五种最常见的失序测试是针对家族突变的靶向测序。对于有遗传病家族史的患者，即使没有发现分子病因，也常常不正确地要求进行这项检查。必须先在受影响的家庭成员中检测出因果突变，然后才能对有风险的亲戚进行有针对性的测序。实验室应考虑确定最常见的测试顺序错误。这将使他们能够重新评估其网站上的测试订购过程和信息并实施更改。下面的示例说明了ARUP在这项研究中所做的更改。
如上所述，许多HCP在编写测试命令时仅要求“a地中海贫血”。因此，ARUP将测试名称从“a地中海贫血测序”更改为“a珠蛋白测序”。现在，“地中海贫血”一词仅以通常应作为第一线检测的名称使用，即“a地中海贫血7缺失”，这可能会鼓励对两种检测进行更适当的排序。ARUP实施的第二项修改是在在线测试目录中添加了一条声明，规定客户必须在订购a珠蛋白基因测序或家族突变测序之前联系ARUPGC。这使GC可以获得关键的临床和家族史信息，在需要时请求记录，并提供有关哪种检测最合适的建议。这些测试的样品要求也已从在线目录中删除，这进一步鼓励了收集机构在从患者身上采集样品之前联系GC。由于GC正在积极审查每个NF1缺失/重复测试顺序，因此他们能够确定并传达开发内部NF1测序测定的需求。一旦可以在ARUP进行NF1测序测定，就可以消除错误的NF1删除/重复测试命令。这三个示例说明了实验室修改测试菜单，测试名称或用户指南的能力，以减少遗传测试订单错误。但是，此类更改只能在实验室确定了订购错误的特定模式后才能实施。
GC评估复杂的分子测试订单后，在21个月内为ARUP的客户，并通过他们，保险公司以及最终为患者节省了近120万美元。每次错序测试的平均成本节省为792美元。ARUP的GC每小时可以执行三到四个分析前测试评估。这包括审查测试订单和所有随附的临床信息，如果需要其他临床或家族史信息，则与订购机构和HCP进行沟通，评估测试的适用性，将任何相关信息传达给实验室，以及实施任何要求的测试更改。使用GC来审查基因测试订单要付出一定的代价，并且最好由从这种审查中受益的人来执行。医院实验室派出部门和保险公司将直接从GC的使用中受益，这些GC可以审查基因检测订单并积极协助HCP进行基因检测选择。对于大学医学中心或其他大型私人或公共卫生中心的实验室，最实用的方法可能是与儿科，妇产科和肿瘤科等部门合作，这些部门已经使用了气相色谱仪，并且他们可能有一部分时间可以进行日常检查基因测试命令。最实用的方法可能是与儿科，妇产科和肿瘤科等部门合作，这些部门已经使用了GC，并且他们可能有一天可以花一部分时间来检查基因测试订单。通过与他们的医学遗传学家合作制定方法以订购昂贵的基因测试的实践标准，该机构的儿科遗传参考实验室费用减少了20％。GC或遗传学家是唯一将考虑向其报销乳腺癌，结肠癌和长QT综合征基因检测订单的提供者。
尽管可以量化识别和纠正分子遗传学测试错误的金钱影响，但评估这种错误导致的临床后果却更加困难。在关注靶向药的肿瘤基因检测网的研究过程中，确定了以下两个示例，这些示例说明了测试顺序错误可能导致的不良临床结果。在分析前样品处理过程中，实验室技术人员会识别并纠正许多常见的订购错误，包括对同一样品订购的重复测试，提交不合适的样品类型，缺少患者标识符或在测试名称和测试编号不匹配时澄清测试。这些错误本质上都是文书错误，并且不需要识别就不需要对特定测试或其在临床实践中的预期应用有深入的了解。然而，关注靶向药的肿瘤基因检测网的研究发现，尽管校正了分析前样品处理过程中的顺序错误，但GC审查仍导致26％的复杂基因检测顺序的测试修改。这可能是因为基因测试复习需要对临床遗传学的专门知识和培训。
例如，GC测试审查改进了对重复的种系遗传测试命令的识别，这似乎不需要对遗传测试的深入了解。在ARUP收到标本时，实验室工作人员会评估对当前标本进行相同测试的重复要求。在测试之前，ARUPsGC还会在ARUP内部的未决和已完成测试的数据库中执行患者姓名搜索，以确定订购的测试或其任何单个组件是否在先前的样品上执行或可以同时订购。如果不了解某些检测方法检测到的临床敏感性或基因突变的类型，则可能无法确定由重叠检测成分代表的重复顺序。一个示例包括并发订单的B珠蛋白基因测序和检测HbS，HbC和HbE突变的通用突变组。尽管粗略地审查分子遗传测序和删除/重复测试顺序会发现一些错误，但最终需要由GC进行审查才能识别许多错误顺序。
气相色谱因其对复杂基因检测的复杂性的专门知识而被适当培训，以从事复杂基因检测的分析前审查。通过提供HCP教育的机会，提醒HCP更好的订购习惯，并鼓励HCP在订购基因测试之前与GC进行交流，GC测试订单审查的好处可能会超出单个患者的范围。该研究数据的局限性包括仅分析了种系分子测序和缺失/复制测试错误。尽管在此期间也进行了生化和细胞遗传学检测的回顾，并可能节省了数十万美元的额外医疗费用，但这些检测未包括在本研究中。此外，许多客户和订购的HCP都联系实验室的GC，以在样品收集之前讨论测试的选择。因此，可以假设，如果在提交测试之前未进行过此类咨询，则测试订单错误率甚至会高于观察到的错误率。数据提取也存在局限性。确定从LIS中提取的数据是为了低估研究期间发生的GC促进的测试变化。例如，如果GC启动了与HCP的对话，最终导致推荐实验室联系ARUP客户服务以请求取消基因测试订单，则GC不会在LIS中完成模板，并且因此，此类数据将不会包含在提取的数据中。此外，由于使用的软件无法将它们与客户或其他ARUP员工发起的测试更改区分开来，因此一些GC促进的测试更改未包括在数据集中。
通过HCP进行GC审查后，通过添加其他测试或进行更全面的测试来改善测试的财务影响未包含在此分析中。虽然建议进行其他测试或进行更全面的测试可能会增加成本，但这些添加的测试并不能抵消因取消错误的测试而节省的成本。出于本研究的目的，在成本分析中仅考虑取消错序的测试。这项研究并未试图量化此基因测试评估对ARUP的金钱影响。GC测试审查的总体金钱影响包括：GC薪水和福利，由于取消了原本要处理的测试订单而导致的ARUP潜在的收入损失，以及通过确保仅正确订购才能提高实验室效率而节省的成本进行了测试。
使用标准化的内部协议和针对疾病的标准评估临床效用，努力确保GC之间的检验审查方法一致。但是，这项研究并未研究GC之间测试变更类型和频率的可能差异，以及这可能对研究结果产生偏见的原因。一个GC到另一个GC的测试修改率可能会有所不同，部分原因是各个GC在评估测试是否适当以及解释对订购HCP进行测试修改的合理性方面存在差异。对于实施GC测试审查的设施而言，通过在其机构内制定标准化协议和指南以评估临床效用并讨论使用HCP进行潜在测试修改的尝试，将这种差异最小化是很重要的。由于ARUP是参考实验室，因此订单错误的来源并不总是可识别的，并且可能来自发出请求的HCP或推荐机构。鉴于此限制，尽管确定订购错误的来源可能有助于以更有效的方式指导培训工作和测试订购实践的改变，但关注靶向药的肿瘤基因检测网并未尝试通过订购HCP的实践专业来对错误排序的测试进行分层。
尽管GC具有非常专业的知识，但它们在医疗保健系统中仍未得到充分利用。让了解基因测试复杂性的人员评估基因测试订单至关重要。GC具有很好的资格，并且可以通过审查基因测试订单来帮助减少医院，实验室，保险公司和患者的不必要费用，从而改善患者护理水平并减少医疗资源的浪费。有了这些数据，医院实验室和第三方付款人将有望通过使用GC的服务来审查基因测试订单而受益。根据ARUP实验室的经验，GC预分析测试审查程序很有可能通过减少昂贵的订单错误来收回成本。
|
|
|
|
| 肿瘤基因检测网，致力于将基因检测前沿产品带给大家，通过网站、微信、快递等平台，建立起患者和基因检测机构之间直接沟通的桥梁，省去医院、医生、医药销售代表等中间成本，以非常实惠的价格，享受非常前沿的技术，一起战胜癌症。 |
|
|
|
