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基因检测
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医学影像和基因检测
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  在本期《梅奥诊所论文集》中,有3篇文章论述了医学成像和基因测试中的“偶然发现”,包括使用信息使患者受益并促进医学发展的机遇和挑战。确定了424例严重主动脉瓣狭窄患者中的418例中的2266例偶然发现,这些患者接受了主动脉胸部,腹部和骨盆的CT血管造影检查,作为评估经导管主动脉瓣置换的一部分。在这些偶然发现中,有458名具有潜在的致病性,涉及285名患者。即使对年龄,冠状动脉疾病史和射血分数降低等协变量进行了调整,潜在的致病性结果也对存活率产生影响。面对决定应进一步评估哪些偶然发现的挑战,作者建议建立适当的机制来检测,充分沟通并确保对令人担忧的偶然发现进行跟踪,尤其是在预期发生率很高时。
   偶然发现也影响基因测试的解释和应用。因此,进行测试的人员必须制定范例和协议,以决定谁应接收结果并帮助接收者确定其含义。为了进一步评估此问题,马萨诸塞州波士顿布莱根妇女医院的研究人员对生物库的参与者进行了横断面调查。90%的响应者认为,对偶然发现的披露很重要,但这取决于治疗的可获得性以及疾病的风险和严重性。最近发表在《医学遗传学》上的一份特别报告建议,生物库研究系统应解决偶然发现和研究结果的返还问题,以明确“阐明评估发现的标准和可返还发现的花名册,分析特定的发现。为此,重新确定个人贡献者,重新联系贡献者以提供调查结果。”
   许多问题通常未得到解决或未包含在建议中。并非所有研究的结构都可以将信息返回给参与者。某些研究可能是盲目的,而在那些研究中,不可能返回结果。在其他研究中,参与者可以选择是否要返回结果。生物库和研究系统需要澄清评估和返回发现的标准,但是可用信息在不断发展。考虑返回患者的发现是否需要采取行动?换句话说,是否有潜在的治疗或预防措施?用于种系BRCA突变,改变结果的干预措施是可能的。发现涉及亨廷顿病基因的行动不力,但可能致命的发现时,会发生不同的情况。而且,肿瘤基因检测网应该如何处理表明特定疾病风险比普通人群增加0.1%的结果:应该退还吗?在未知意义的基因中发生的变异又如何呢?具有不确定意义但具有潜在致病基因的变体怎么样?突变的外显率水平重要吗?肿瘤基因检测网是否可以对患者进行测试的复杂性方面的充分教育,以便他们可以明确地决定他们想要和不想要的结果?在这些问题上对公众进行教育非常复杂,
   包括美国医学遗传学和基因组学学院在内的各种共识性建议已解决了这些复杂的问题,因为它们与基因组研究以及临床外显子组和基因组测序中偶然发现的报道有关。基因组测序涉及整个基因组的大部分DNA,而“外显子组”是指基因组的一部分,约1%,主要编码蛋白质,最有可能包含临床表型的可解释突变。尽管ACMG的建议向前迈出了一大步,但问题仍然存在,并且继续出现。当新的遗传异常被识别或重新分类时,研究人员是否应该不断地回顾过去参与者的结果并重新联系他们?在考虑与过去的参与者反复联系之前,新发现需要具有多大的意义,并且由谁决定?死者的后代可以访问调查结果吗?
   在本期《梅奥诊所论文集》的评论中,针对最近更新的ACMG有关临床外显子组和基因组测序的偶然发现报告的建议而撰写。梅奥诊所的个性化医学中心的作者描述了他们自己的做法,并强调他们对患者选择的关注。尽管CIM计划是基因检测利用和患者参与决策的一项重要举措,但该计划涉及的患者人数有限,每位患者都接受广泛的遗传咨询和同意书。这样,患者和程序都花费了大量时间和精力,以使患者能够做出明智的决定。尽管CIM的方法令人钦佩,但并非总是能够在更广泛的临床环境中复制其活动。
   ACMG建议实验室“在其最低清单”中列出“寻找并报告基因中指定类别或类型的突变”,并建议对所有临床种系外显子组和基因组测序“包括所有受试者的肿瘤正常减法分析的'正常',不分年龄,但不包括胎儿样品。”尽管认为某些建议过于家长式,并且没有充分尊重患者对其遗传信息的自主权,但ACMG政策声明是工作组经过实质性共识过程,外部专家进行审查并获得批准的结果。由ACMG理事会。2014年的ACMG已直接回应了其2013年初报告中提出的问题,并且通过广泛的会员调查,论坛,文章和评论提供了意见,从而增强了这一过程。ACMG随后发布了更新的建议,即为正在考虑进行临床基因组规模测序的患者提供“选择退出”可药用基因分析的选项。值得赞扬的是,ACMG从一开始就认识到基因测试是一个快速发展的领域,其正式建议将需要“随着时间的推移而发展”。
   肿瘤检测似乎很简单。但是,在某些肿瘤中在体细胞中观察到的相同突变可能发生在种系中。例如,如果绝大多数肿瘤细胞具有在体细胞和种系中均可见的突变,如P53,APC,PTEN,BRCA1,BRCA2,MLH1,MSH6和VHL中可能发生的突变基因,这增加了突变实际上是种系的可能性。应该如何报告?患者是否需要征得他或她的肿瘤测试的同意,因为它可以导致识别引起疾病的种系突变?如果患者未能通过标准的一线治疗,并且有望存活足够长的时间进行外显子组测序以鉴定潜在的可操作突变,则可以在肿瘤组织上进行临床外显子组测试。可以对肿瘤DNA和患者种系DNA进行测序,以比较肿瘤特有的成分和潜在的化学治疗靶标。如果发现重要的种系怎么办?如果患者已经在医疗系统中接受肿瘤性疾病的护理,则已经提供了家族病史。因此,已经提出了家族性肿瘤易感性的想法,并且鉴于一半的情况,基因,除非患者已经选择不接收有关偶然发现的信息,否则该信息将可供患者使用。
   此外,在本期《梅奥诊所论文集》中,描述了不相关的肥厚型心肌病患者基于表型的基因测试预测评分。在迄今为止最大的肥厚型心肌病队列中,作者发现有6种临床或超声心动图标记可预测突变阳性肥厚型心肌病的可能性。当特定的临床表型提示潜在的遗传异常时,使用表型驱动的检测。ACMG董事会不建议在法定成年年龄之前进行基因组外显子组测序,但它们对以下情况有所例外:由表型驱动的临床诊断测试,可以进行早期监测或干预且有效的情况,或机构审查委员会批准的研究。临床外显子组测试的一种应用是识别异常疾病的潜在遗传原因。这种方法在疾病诊断和治疗中的价值在最近的一例男孩中得到证实,该男孩患有难以治疗的异常侵袭性炎症性肠病。这名儿童接受了DNA测序,该测序鉴定了XIAP基因中的突变并导致了与以前不确定形式的炎症性肠病相关的免疫缺陷。这名儿童已成功接受同种异体造血祖细胞移植治疗。通过将测试限制在单基因测序上,可能不会发现XIAP突变,因为它不在候选基因列表中。该案例说明了外显子组测序在临床环境和患者直接护理中的价值。
   外显子组和基因组测序也可以在个人中进行,这些人既好又好奇或担心,并且愿意为他们的基因组进行测序。随着外显子组和基因组测序成本的降低,这组个体的数量也会增加,而意外发现也会增加。临床医生对影像研究中的这些偶然发现的处理更加熟悉,并且有一天肿瘤基因检测网将变得更加熟悉和轻松应对偶然的遗传发现。

 
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