【佳学基因检测】肿瘤靶向药物治疗中耐药性的获得基因检测分析

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配对外显子组测序结果用于开发靶向测序 panel，用于所有可用配对血浆样本的错误校正 ctDNA 测序，每个样本的 DNA 输入两个独立的文库制备物，并在两个具有不同基础化学的测序平台上测序，然后一起比较 贼终分析减少PCR错误和测序错误。 靶向 panel 包括 RB1、CDK4、CDK6、CDKN1A、CDKN2B、NF1、TP53 外显子 5-8 的所有编码外显子，以及 PIK3CA、ESR1、ERBB2、FGFR1、FGFR2、FGFR3、AKT1、KRAS、NRAS 中的已知突变热点 和 HRAS。 RB1 是在现有文献的基础上纳入的，在外显子组测序后添加了 FGFR1/2/3 和 NF1。 除了进行配对外显子组测序的 14 名患者外，还在第 1 天和 EOT 生成了 206 名患者的文库以进行靶向测序。 这些样本在 Ion Proton 上进行了测序，第 1 天和 EOT 样本的中位覆盖率分别为 2187X 和 3251X，在 Illumina HiSeq 2500 上的第 1 天和 EOT 样本的中位覆盖率分别为 10637X 和 8947X，产生了 184 名患者的配对测序数据 两个平台都满足质量要求（材料和方法，补充图 1）。 结合配对外显子组测序，这产生了 195 名具有配对 ctDNA 测序数据的患者（两组中均包括 3 名患者，补充图 1），以研究选择使用哌柏西利加氟维司群 (n=127) 或氟维司群和安慰剂 (n=68) 进行治疗 ).

贼初将两个治疗组放在一起考虑，总体而言，在治疗结束时检测到的突变比在第 1 天时多，第 1 天时 105 名患者检测到 183 个变异，而治疗结束时 119 名患者检测到 243 个变异（图 2A）。 60 名患者在治疗结束时至少有一个新检测到/获得性突变 (60/195, 30.8%)。 治疗结束时获得突变似乎并未反映第 1 天肿瘤含量低，因为在有和没有获得性突变的患者中检测到的第 1 天突变比例相似（35/60, 58.3% 对 70/135, 51.9 ％ 分别）。 此外，基线时肿瘤纯度 >10% 的患者比例没有显着差异（有获得性突变的患者为 20.8%，无获得性突变的患者为 31.0%，p = 0.21，Fisher 正确检验），使用 SNP 面板计算 n = 163 第 1 天样本的子集。 两个治疗组中获得至少一种新突变的患者比例相似，哌柏西利加氟维司群组为 39/127 (30.7%)，安慰剂加氟维司群组为 21/68 (30.9%)。

PALOMA-3 配对血浆样本中乳腺癌驱动基因的遗传景观，治疗时经常选择突变

A – 配对的 ctDNA 测序结果与目标驱动基因组（SNV 和插入缺失）中包含的基因中观察到的变异频率。 显示了 195 名患者的第 1 天和治疗结束时的结果，这些患者具有第 1 天和 EOT 的匹配数据。 P 值具有连续性校正的 McNemar 检验。

 

B – 在接受哌柏西利加氟维司群治疗的患者中，在 EOT 时发现的 RB1 突变 (6/127)。 在接受安慰剂和氟维司群治疗的患者 (n = 68) 的 EOT 血浆样本中未发现 RB1 突变。 数字 PCR 图显示了来自患者 418 的 EOT 样本中 Q257X 的正交验证。

 

C – 治疗结束 (EOT) ctDNA 测序结果来自 195 名患者的配对样本，按治疗分开，以及在第 1 天和 EOT 之间治疗时突变状态是否发生变化。 195 名患者的队列由靶向测序队列（n = 184）和外显子组测序队列（n = 14，两组中 n = 3）组成。 两个治疗组的突变获取模式相似。

 

SNV – 单核苷酸变异，indel – 插入或缺失，EOT – 治疗结束，ctDNA – 循环肿瘤 DNA。 混合——在第 1 天和 EOT 时同一基因具有不同变异的患者。

6 名患者在治疗结束时获得了可检测到的 RB1 突变（p = 0.041，McNemar 连续性校正检验），所有这些患者都接受了哌柏西利加氟维司群治疗。 这 6 名患者中有两名有 2 个 RB1 畸变，一名患者之前已从外显子组测序中鉴定出来，表明存在多克隆耐药亚克隆（图 B）。 样本 418 中发现的 Q257X 突变也通过 ddPCR 进行了验证（图 B）。 在获得 RB1 畸变的 6 名患者中，所有 8 种变体都是终止密码子的增加或移码缺失，极有可能导致 Rb 功能的废除。 发生 RB1 突变的 6 名患者中有 4 名还具有等位基因分数高得多的 PIK3CA 突变，这表明 RB1 突变可以反映亚克隆。 考虑到两种正交测序方法，即扩增子和外显子组捕获，在 palbociclib 加氟维司群组的治疗结束时都发现了相似的治疗结束 RB1 突变频率（外显子组测序 7.1%，1/14，扩增子测序 3.9%，5/ 127). 这些观察结果支持在 palbociclib 的压力下获得或选择 RB1 畸变的出现，但仅在少数患者中 (6/127, 4.7%)。 虽然我们在第 1 天没有发现任何 RB1 突变，这是偶然的结果，但我们在更广泛的 331 天 1 样本中发现了 2 名患者（在氟维司群加安慰剂组中）RB1 突变，其中包括没有 EOT 样本的患者。

除了在 palbociclib 上出现 RB1 突变外，通过治疗对变体的分析揭示了不同基因的不同模式，但治疗组之间的模式相似（图 C）。 对于 TP53，第 1 天出现的变异主要持续/维持（图 A、图 C），这与这些基因中通常代表躯干变化的变异一致。 一名患有第 1 天 TP53 突变的患者在 EOT 获得了 8 个新检测到的 TP53 变异。