【佳学基因检测】基于 16S-23S rRNA 区域的下一代测序开发用于分配链球菌和肠球菌物种的参考数据集

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探索多种病因的一次性基因检测诊断检测时，病源微生生基因检测策略组分析比较了《J Virol》在 2021 Oct; 95(20): e01164-21发表了一篇题目为《基于 16S-23S rRNA 区域的下一代测序开发用于分配链球菌和肠球菌物种的参考数据集》临床微生物基因检测临床研究文章。该研究由R. Alexander Martino,Edwin C. Fluck, III,Jacqueline Murphy,Qiang Wang,Henry Hoff,Ruth A. Pumroy,Claudia Y. Lee,Joshua J. Sims,Soumitra Roy,Vera Y. Moiseenkova-Bell,and James M. Wilson等完成。该研究展示了基因解码技术在微生物学科领域的应用，为宏基因组诊断性基因检测增加了一个可信赖的选项。

病源微生物靶向药物及正确治疗临床研究内容关键词：

链球菌,肠球菌,NGS,16S–23S rRNA 区域,遗传鉴定,诊断

病原生微物靶向治疗基因检测临床应用结果

背景：链球菌和肠球菌属的许多成员是临床相关的机会性病原体，需要正确、快速地识别用于靶向治疗。目前，基于 16S-23S rRNA 区域的下一代测序 (NGS) 开发的方法被证明是一种直接从多微生物和具有挑战性的临床样本中进行物种鉴定的快速、高效和正确的方法。由于缺乏许多细菌物种的 16S-23S rRNA 区域的参考序列，阻碍了将这种新方法引入常规诊断。本研究的目的是根据 16S-23S rRNA 区域的 NGS 对链球菌和肠球菌物种进行仔细分配。方法从临床样本中回收的 32 株菌株和代表 42 种链球菌物种和 9 种肠球菌物种的 19 株参考菌株进行细菌通过四种基于 Sanger 的测序方法识别编码 (i) 16S rRNA、(ii) sodA、(iii) tuf 和 (iv) rpoB 的基因； 16S–23S rRNA 区域的 NGS 和 NGS。 结果：本研究允许获取和沉积 15 种链球菌和 3 种肠球菌的 16S-23S rRNA 区域的参考序列，然后分别富集 27 和 6 个物种，其中参考序列在数据库中可用。对于链球菌，16S-23S rRNA 区域的 NGS 与 tuf 和 rpoB 基因的 Sanger 测序一样具有鉴别力，可以明确识别 93% 的分析物种。对于肠球菌，sodA、tuf 和 rpoB 基因测序允许鉴定所有物种，而基于 NGS 的方法不能仅鉴定一种肠球菌物种。对于这两个属，16S rRNA基因的序列分析具有较低的识别潜力，并且不如其他测试的识别方法。此外，在系统发育相关物种的情况下，仅基因间间隔区的序列分析不足以在物种水平上正确识别链球菌菌株。结论基于开发的参考数据集，现在可以通过以下方法高效地识别临床相关的链球菌和肠球菌物种样本中的 16S–23S rRNA 序列。这项研究将有助于引入一种新的诊断工具，即 16S-23S rRNA 区域的 NGS，这无疑是对直接从多种微生物组成的临床样本中进行高效的、不依赖于培养的物种鉴定的改进。关键词：链球菌、肠球菌、NGS、16S –23S rRNA 区域，基因鉴定，诊断

病源微生物基因检测国际数据库描述：

 Streptococcus, Enterococcus, NGS, 16S–23S rRNA region, Genetic identification, Diagnostics