【佳学基因检测】CDH13和MGMT基因启动子甲基化基因检测与原发性非小细胞肺癌病理诊断与治疗选择
启动子甲基化基因检测与原发性非小细胞肺癌导读：
介绍
全身甲基化变化可能是dota2吧雷电竞 发展或预后的诊断标志物。在这里，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组研究了肺dota2吧雷电竞 中基因甲基化与正常肺组织之间的关系，以及是否可以在配对血液样本中检测到 DNA 甲基化变化。材料与方法
65 名患者在一个机构参加了非小细胞肺癌 (NSCLC) 的手术病例系列。使用亚硫酸氢盐焦磷酸测序，在肺肿瘤、病理正常肺组织和来自登记病例的循环血液中的五个基因( RASSF1A、CDH13、MGMT、ESR1和DAPK )上对CpG 甲基化进行了量化。结果
与正常肺组织相比，肿瘤中甲基化的分析确定了 CDH13、RASSF1A 和 DAPK 基因的更高甲基化，而 ESR1 和 MGMT 甲基化在这些组织类型之间没有显着差异。然后甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组检查了是否可以在血液中检测到这三个异常甲基化基因。在肿瘤中观察到的甲基化差异并未反映在匹配血液样本的甲基化状态中，这表明通过在基于血液的测试中分析这些基因来检测肺癌的可行性较低。贼后，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组探讨了肿瘤甲基化是否与临床和人口统计学特征相关。组织学和性别与CDH13基因的甲基化相关，而分期与MGMT的甲基化相关。结论
甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的结果显示，与正常肺相比，肺肿瘤中RASSF1A、CDH13和DAPK基因的甲基化程度更高。非小细胞肺癌患者血液样本中这些甲基化变化缺乏反映表明它们不太适合筛查测试。关键词： 甲基化，非小细胞肺癌，CDH13，MGMT，临床病理特征
介绍
肺癌是全世界dota2吧雷电竞 相关死亡的贼常见原因之一 。在基因检测技术的不断发展和应用过程中，诊断方法和治疗取得了进展。基因表达的表观遗传控制在致癌作用中起重要作用。CpGdi 核苷酸的异常甲基化是人类癌症中常见的表观遗传修饰 ，它似乎比癌症中的基因突变更频繁。虽然肿瘤以全基因组低甲基化为特征，但肿瘤抑制基因启动子区域的高甲基化已被提出，相当于突变事件的转录沉默机制 。
肺癌中的 DNA 甲基化变化已得到充分证实，将这些知识转化为筛查具有显着改善健康的潜力。随着新的疾病筛查标志物的发现，有可能实现早期诊断，为癌症治疗做出更明智的选择，并确定与预后和治疗反应相关的标志物。有人提出，在不久的将来，有可能使用 DNA 甲基化特征筛查肺癌患者，测量患者对治疗的反应，识别风险增加的患者，或监测旨在降低癌症发病率的干预措施。为了实现这些目标，有必要证明表观遗传变化对癌细胞的特异性，并评估在容易接近的组织(即循环血液)中检测异常的敏感性。
据报道，许多基因在肺肿瘤中异常甲基化。甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组检查了文献以确定一组在肺肿瘤中贼常被鉴定为高甲基化的基因，有利于那些报道了高甲基化与临床病理学特征之间可能相关的基因。这导致使用亚硫酸氢盐焦磷酸测序对一组五个基因(RASSF1A、CDH13、MGMT、ESR1 和 DAPK)进行调查，以确定这些甲基化变化是否对肺肿瘤具有特异性，并测试这些变化是否可以在患者的血液样本中检测到。甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组进一步分析了 DNA 甲基化与临床病理学特征之间可能存在的关联。
材料与方法
原发肿瘤样本 (n=65)、相应的非恶性肺组织 (n=65) 和机械血液样本 (n=51) 来自于 2009 年在肺病研究所接受治好性切除手术治疗的 NSCLC 患者，临床贝尔格莱德大学塞尔维亚中心。该研究得到了该机构伦理委员会的批准，并获得了所有研究参与者的知情同意。使用 EDTA 真空采血管收集 5 mL 血液，并在 -20 C 下储存直至处理。使用 Higuchi 描述的方法从全血样品中提取 DNA。简而言之，通过加入等体积的裂解缓冲液(0.32 M 蔗糖、10 mM Tris-HCl pH 7.5、5mM MgCl2 和 1% Triton X-100)裂解血细胞和血小板。将裂解物以 3,000 rpm 的转速离心 10 分钟。去除上清液，再次对沉淀进行裂解和离心。去除上清液后，将颗粒悬浮在 3 mL 缓冲液(10 mM Tris-HCl、0.4 M NaCl、2 mM EDTA 和 25 μL 蛋白酶 K)中，然后加入 SDS(0.7% 终浓度)。在 37°C 孵育过夜后，加入 1 mL 6M NaCl，并通过离心使蛋白质沉淀。将含有 DNA 的上清液转移到新的试管中，并以 4000 rpm 的速度离心 10 分钟。将上清液转移到新的微量离心管中，加入等体积的异丙醇。DNA变得可见并被转移，在 1 mL 70% 乙醇中洗涤并风干，然后重悬于蒸馏水中并通过琼脂糖凝胶电泳分析质量，并使用 Nanodrop 分光光度计(ThermoScientific Inc.，Wilmington，DE)进行定量。如前所述从新鲜冷冻肿瘤中分离 DNA。随后的实验室研究在美国明尼苏达大学共济会癌症中心进行。DNA甲基化的检测基于用亚硫酸氢钠处理基因组DNA，将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变。根据制造商的方案 (Zymo Research, Irvine, CA) 对基因组 DNA 进行亚硫酸氢盐修饰。然后生成链特异性聚合酶链反应产物，为焦磷酸测序提供合适的 DNA 模板(表格1)。RASSF1A、CDH13、MGMT和DAPK基因的引物序列和 PCR 条件已在之前描述过 。为了便于与其他出版物进行数据比较，引物序列以及每个基因内分析的序列显示在表格1. 通过琼脂糖电泳分离扩增子以确认适当的扩增和产物质量。使用 PyroMark 软件 (Qiagen) 计算每个启动子的每个 CpG 的甲基化百分比以及跨 CpG 的平均甲基化。表格1：通过焦磷酸测序对基因ESR1、RASSF1A、CDH13、MGMT和DAPK进行启动子甲基化分析：显示的是扩增引物(正向和反向)、使用的测序引物和分析的序列。
| ESR1 | RASSF1A | CDH13 | 管理时间 | DAPK | |
| 正向引物 |
TTTTGGGTTATTTTTAGTAG ATT |
生物素-ATAGGTTTTGTTTAATGAGT |
TTGGGAAGTTGGTTGGTTG |
TTGGTAAATTAAGGTATAGA GTTTT |
GAGGGTAGTTTAGTAAGTTG TTATAG |
| 反向底漆 |
生物素- CAAAAAACAACTTCCCTAAAC T |
CTACACCCAAATTTCCATTAC |
生物素- ACAACCCCTCTTCCCTACCT |
生物素-AAACAATCTACRCATCCT |
生物素- CCTCCAACTACCCTACCAAA |
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测序 引物 |
GGTTATTTTTAGTAGATTTT | ATCTAAATCCTAAAAAAAAC | GGAAAATATGTTTAGTGTAG | GGAAGTTGGGAAGG | TTTAGTAATGTGTTATAGGT |
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分析 序列 |
YGTGYGTTTTYGTTTTTTGGTY GTG |
RCTAAAATCRAAACCCRCCCT ATAACCCCRCCCRACCCRCRC TTACTAACRCCCAAAACCAAC RAAACACRAACCCAACCRAAC C |
TYGYGTGTATGAATGAAAAY GTYGTYGGGYGTTTTTA |
YGTYGTTYGGTTTGTATYGGT _ |
GGGGYGTTYGYGTTTYGGGY GGAYGTATTGGTTTTTYGGTY GGYGTGGGTGTGGGGYGAG TGGGTGTGTGYGGGGTGTGY GYGGT |
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测序 引物 2 |
AATTTAGTTTTTATTTAGTA | ||||
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分析 序列 2 |
GYGAYGATAAGTAA |
统计分析
计算每个 CpG 位点的描述性统计数据以及每个基因的多个 CpG 的平均值。由于数据不是正态分布的，因此计算了连续变量的中位数和四分位距 (IQR)。创建箱线图以直观地评估每个 CpG 位点的值分布。由于甲基化值的非正态性，组织类型之间的甲基化差异使用配对 Wilcoxon 符号秩检验对基因区域内所有 CpG 位点的平均甲基化值进行评估。使用单个 CpG 位点或平均 CpG 位点产生了类似的结果。对于那些甲基化值与基因内 CpG 位点的平均甲基化值与正常组织值的平均值相差三个标准差的样本，肿瘤高甲基化被分配。. 甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组使用 Wilcoxon 秩和检验比较了肿瘤样本中存在和不存在高甲基化的患者血液样本中的甲基化。使用Fisher正确检验评估肿瘤高甲基化与患者和肿瘤特征之间的关联。评估的变量包括估计的患者年龄(<55、55-59、60-64、>65)、性别(男性、女性)、吸烟(当前、以前/从未)、包装年数(<40、40-70、>70 )、组织学(鳞状细胞癌、腺癌和其他)、分级(<2、2、>2)和分期(I、II、III、IV)。由于只有出生年份可用，因此估计了患者年龄；用当年的7月1日来估计年龄。所有分析均使用 SAS 9.2 (SAS Institute, Inc, Cary, NC) 进行。
结果
患者特征在表 2. 男性患者多于女性患者。大多数患者 (81.3%) 是当前吸烟者，15.6% 是前吸烟者。特定的组织学亚型包括 20 种 (30.8%) 腺癌、35 种 (53.8%) 鳞状细胞癌和 10 种 (15.4%) 其他 NSCLC 亚型(4 种大细胞癌、3 种巨细胞癌、1 种非典型类癌、1 种粘液癌和 1 种肉瘤样癌)。表 2:受试者人口统计学、肿瘤组织学、分级、分期和吸烟状况数据
| 多变的 | 级别 | 频率 (％) |
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| 年级 | <2 | 21 (33.3) |
| 2 | 23 (36.5) | |
| >2 | 19 (30.2) | |
| 失踪 | 2 | |
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| 组织学 | 鳞状细胞癌 | 35 (53.8) |
| 腺癌 | 20 (30.8) | |
| 其他 | 10 (15.4) | |
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| 阶段 | 1 | 16 (25.0) |
| 2 | 25 (39.1) | |
| 3 | 19 (29.7) | |
| 4 | 4 (6.3) | |
| 失踪 | 1 | |
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| 性别 | 女性 | 21 (32.3) |
| 男性 | 44 (67.7) | |
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| 吸烟状况 | 当前的 | 53 (81.3) |
| 以前的 | 10 (15.6) | |
| 没有任何 | 2 (3.1) | |
| 失踪 | 1 | |
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| 包年 | < 40 | 18 (28.6) |
| 40–70 | 33 (52.4) | |
| >70 | 12 (19.0) | |
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| 估计年龄 | <55 | 14 (21.5) |
| 55–59 | 17 (26.2) | |
| 60–64 | 15 (23.1) | |
| >=65 | 19 (29.2) | |
| 平均值 (SD) | 60.00 (6.86) | |
每个基因的 CpG 位点的甲基化分布在图1. 对于所研究的每个基因，CpG 位点的甲基化百分比相当相似。肿瘤样本显示出更多的甲基化变异，每个 CpG 位点都有大量异常值。对于所有 CpG 位点，血液样本的甲基化水平往往较低。
图1:图形表示(箱线图)比较肿瘤 (T)、正常肺组织 (N) 和血液样本 (B) 中的 DNA 甲基化水平。通过分析单个基因和 CpG 位点获得结果。
与正常肺组织相比，肿瘤中五个基因中三个(DAPK、RASSF1A和CDH13)的甲基化显着升高(表3)。甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组接下来研究了是否可以在循环血液样本中检测到这三个基因的甲基化变化。病例被分类为肿瘤中每个基因的甲基化阳性或阴性。从血液中分离的 DNA中DAPK、RASSF1A、MGMT和CDH13的平均启动子甲基化与肿瘤甲基化状态之间没有显着相关性(表 4) 然而，对于那些在 ESR1 基因的肿瘤中具有高甲基化的人来说，血液中的甲基化之间存在显着的关联。
表3:手术切除时切除的肿瘤组织和病理正常肺样本中五个抑癌基因的 CpG 甲基化平均差异
| 基因 | 甲基化变化(甲基化肿瘤- 甲基化正常肺) | ||
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| ñ | 中位数 (IQR a ) | p 值b | |
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| CDH13 | 64 | 2.43 (-1.41, 6.9) | <0.001 |
| RASSF1A | 62 | 0.91 (-0.15, 11.7) | <0.001 |
| ESR1 | 65 | 0.28 (-0.67, 1.46) | 0.07 |
| 管理时间 | 64 | 0.12 (-0.27, 0.95) | 0.08 |
| DAPK | 47 | 0.87 (-0.97, 2.26) | 0.03 |
a IQR = 四分位距
b人体内甲基化差异的 Wilcoxon 符号秩检验(肿瘤与正常肺)
表 4:按肿瘤甲基化状态分层的循环血液样本中的 DNA 甲基化
| 循环血液中的平均 CpG 甲基化 | p 值b | |||||
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| 基因 | 高甲基化的临界值 | 肿瘤中的高甲基化 | 肿瘤中没有高甲基化 | |||
| ñ | 中位数 (IQR) | ñ | 中位数 (IQR) | |||
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| CDH13 | 18.52 | 9 | 6.56 (5.42–7.67) | 41 | 6.22 (5.30–6.89) | 0.26 |
| RASSF1A | 6.93 | 17 | 1.23 (1.18–1.45) | 31 | 1.26 (1.16–1.45) | 0.78 |
| ESR1 | 6.92 | 4 | 3.37 (2.88–3.57) | 46 | 2.36 (1.99–2.67) | 0.02 |
| 管理时间 | 6.68 | 5 | 1.17 (1.15–1.24) | 45 | 1.22 (1.09–1.47) | 0.74 |
| DAPK | 5.20 | 8 | 2.74 (2.33–3.23) | 25 | 2.52 (2.07–3.11) | 0.95 |
a IQR = 四分位距
来自 Wilcoxon 秩和检验的 b p 值
贼后，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组评估了基因甲基化的临床和人口统计学相关性(表 5)。组织学和性别都与CDH13的高甲基化有关，这在女性和腺癌患者中更常见。此外，分期与MGMT的高甲基化有关；第四阶段疾病的患者在MGMT时更有可能发生高甲基化。
表 5:患者和肿瘤特征及抑癌基因甲基化
| 多变的 | CDH13 高甲基化 | RASSFA1 高甲基化 | MGMT 高甲基化 | DAPK 高甲基化 | ESR1 高甲基化 | |||||
| 是的 | 不 | 是的 | 不 | 是的 | 不 | 是的 | 不 | 是的 | 不 | |
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| 性别 | ||||||||||
| 男性 | 5 (11.4) | 39 (88.6) | 15 (34.9) | 28 (65.1) | 6 (13.6) | 38 (86.4) | 8 (20.5) | 31 (79.5) | 3 (6.8) | 41 (93.2) |
| 女性 | 6 (28.6) | 15 (71.4) | 8 (38.1) | 13 (61.9) | 2 (9.5) | 19 (90.5) | 4 (26.7) | 11 (73.3) | 3 (14.3) | 18 (85.7) |
| p 值 | 0.15 | 0.99 | 0.99 | 0.72 | 0.38 | |||||
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| 组织学 | ||||||||||
| 鳞状细胞癌 | 1 (2.9) | 34 (97.1) | 12 (35.3) | 22 (64.7) | 6 (17.1) | 29 (82.9) | 7 (24.1) | 22 (75.9) | 2 (5.7) | 33 (94.3) |
| 腺癌 | 8 (40.0) | 12 (60.0) | 9 (45.0) | 11 (55.0) | 2 (10.0) | 18 (90.0) | 4 (22.2) | 14 (77.8) | 4 (20.0) | 16 (80.0) |
| 其他 | 2 (20.0) | 8 (80.0) | 2 (20.0) | 8 (80.0) | 0 (0.0) | 10 (100.0) | 1 (14.3) | 6 (85.7) | 0 (0.0) | 10 (100.0) |
| p 值 | <0.001 | 0.40 | 0.40 | 0.99 | 0.18 | |||||
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| 肿瘤等级 | ||||||||||
| <2 | 4 (19.0) | 17 (81.0) | 7 (33.3) | 14 (66.7) | 4 (19.0) | 17 (81.0) | 6 (35.3) | 11 (64.7) | 2 (9.5) | 19 (90.5) |
| 2 | 2 (8.7) | 21 (91.3) | 8 (36.4) | 14 (63.6) | 2 (8.7) | 21 (91.3) | 3 (15.8) | 16 (84.2) | 3 (13.0) | 20 (87.0) |
| >2 | 4 (21.1) | 15 (78.9) | 8 (42.1) | 11 (57.9) | 2 (10.5) | 17 (89.5) | 3 (17.6) | 14 (82.4) | 1 (5.3) | 18 (94.7) |
| p 值 | 0.47 | 0.90 | 0.64 | 0.36 | 0.87 | |||||
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| 临床阶段 | ||||||||||
| 我 | 1 (6.3) | 15 (93.8) | 6 (37.5) | 10 (62.5) | 2 (12.5) | 14 (87.5) | 3 (23.1) | 10 (76.9) | 1 (6.3) | 15 (93.8) |
| 二 | 6 (24.0) | 19 (76.0) | 9 (37.5) | 15 (62.5) | 5 (20.0) | 20 (80.0) | 7 (31.8) | 15 (68.2) | 3 (12.0) | 22 (88.0) |
| 三 | 3 (15.8) | 16 (84.2) | 7 (36.8) | 12 (63.2) | 0 (0.0) | 19 (100.0) | 2 (13.3) | 13(86.7) | 2 (10.5) | 17 (89.5) |
| 四 | 0 (0.0) | 4 (100.0) | 1 (25.0) | 3 (75.0) | 1 (25.0) | 3 (75.0) | 0 (0.0) | 3 (100.0) | 0 (0.0) | 4 (100.0) |
| p 值 | 0.47 | 0.99 | 0.11 | 0.52 | 0.99 | |||||
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| 吸烟状况 | ||||||||||
| 以前/从不 | 2 (16.7) | 10 (83.3) | 4 (33.3) | 8 (66.7) | 1 (8.3) | 11 (91.7) | 1 (9.1) | 10 (90.9) | 1 (8.3) | 11 (91.7) |
| 当前的 | 9 (17.3) | 43 (82.7) | 19 (37.3) | 32 (62.7) | 7 (13.5) | 45 (86.5) | 11 (26.2) | 31 (73.8) | 5 (9.6) | 47 (90.4) |
| p 值 | 0.99 | 0.99 | 0.99 | 0.42 | 0.99 | |||||
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| 包年吸烟 | ||||||||||
| < 40 | 2 (11.1) | 16 (88.9) | 8 (44.4) | 10 (55.6) | 2 (11.1) | 16 (88.9) | 2 (14.3) | 12 (85.7) | 0 (0.0) | 18 (100.0) |
| 40–70 | 7 (21.2) | 26 (78.8) | 13 (39.4) | 20 (60.6) | 5 (15.2) | 28 (84.8) | 8 (26.7) | 22 (73.3) | 5 (15.2) | 28 (84.8) |
| >70 | 1 (8.3) | 11 (91.7) | 2 (18.2) | 9 (81.8) | 1 (8.3) | 11 (91.7) | 2 (25.0) | 6 (75.0) | 1 (8.3) | 11 (91.7) |
| p 值 | 0.53 | 0.34 | 0.99 | 0.66 | 0.40 | |||||
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| 年龄 | ||||||||||
| <55 | 4 (26.7) | 11 (73.3) | 6 (40.0) | 9 (60.0) | 3 (20.0) | 12 (80.0) | 3 (25.0) | 9 (75.0) | 1 (6.7) | 14 (93.3) |
| 55–59 | 4 (18.2) | 18 (81.8) | 6 (28.6) | 15 (71.4) | 3 (13.6) | 19 (86.4) | 4 (20.0) | 16 (80.0) | 2 (9.1) | 20 (90.9) |
| 60–64 | 1 (6.7) | 14 (93.3) | 5 (33.3) | 10 (66.7) | 1 (6.7) | 14 (93.3) | 2 (18.2) | 9 (81.8) | 2 (13.3) | 13 (86.7) |
| ≥65 | 2 (15.4) | 11 (84.6) | 6 (46.2) | 7 (53.8) | 1 (7.7) | 12 (92.3) | 3 (27.3) | 8 (72.7) | 1 (7.7) | 12 (92.3) |
| p 值 | 0.54 | 0.76 | 0.73 | 0.97 | 0.99 | |||||
a从 Wilcoxon 秩和检验得出的所有 p 值
讨论
在这个基于欧洲的非小细胞肺癌病例系列中，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组评估了 DNA 甲基化变化对肺部肿瘤的特异性，并研究了这些变化是否可以在患者的血液中检测到。在甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的 5 基因组中，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组观察到与匹配的正常组织相比，肺肿瘤中的三个基因显着高甲基化，但是，在患者的血液样本中无法检测到这些变化。相比之下，与正常样本相比，在肿瘤中未发现有统计学显着差异的一个基因在肿瘤样本中具有高甲基化的个体的血液中确实具有更高的甲基化水平。这种关联应该在更大的研究中得到证实。几项研究调查了肺癌中选定基因中 DNA 甲基化的临床相关性 。有趣的是，该文献的大部分使用甲基化特异性聚合酶链反应( PCR )作为启动子甲基化水平的量化方法。甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组不知道有任何研究直接将该方法与甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组用于分析相同甲基化位点的亚硫酸氢盐焦磷酸测序方法进行比较，因此无法解决甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的研究与以前的研究相比的任何差异是否可归因于使用的方法。然而，亚硫酸氢盐焦磷酸测序被认为是一种敏感的方法，可以检测低拷贝数(即血液中循环肿瘤DNA的存在)。
之所以选择这五个基因，是因为之前有报道称它们在肺肿瘤中是高甲基化的。甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的结果与这些发现并不有效一致，因为与邻近的正常肺组织相比，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组未能观察到NSCLC 中ESR1和MGMT的高甲基化。差异可能归因于所用分析方法和高甲基化状态解释的差异，以及所研究的不同 CpG 位点。这强调了报告在确定甲基化状态时正在分析哪些甲基化位点的重要性，并且有人建议此类报告将有助于比较在不同研究中获得的基因特异性甲基化数据。对这些发现不一致的另一种可能的解释可能是在甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的肿瘤系列中这两个基因的启动子中观察到的甲基化水平非常低，从而避免了对相邻正常肺组织中甲基化差异的检测。
众所周知，由于肿瘤细胞的裂解，可以在癌症患者的血液(血清或血浆)中大量检测到双链 DNA 片段 。因此，可以检测患者外周血中的肿瘤特异性 DNA 改变，并且已经证明它们可以作为中国人群中 NSCLC 检测的生物标志物。具体来说，张等人。确定了一组5个基因作为NSCLC早期诊断的标志物，其中包括RASS1A和CDH13。因此，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组研究了在肿瘤中观察到的三个基因的高甲基化是否也存在于血液中，但无法检测到血液中升高的 DNA 甲基化。这可能是由于甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组血液样本的所有 CpG 位点的甲基化水平始终较低。在三个基因的启动子区域中选择不同的甲基化位点将在血液样本中产生更强的甲基化信号仍然是合理的，但鉴于甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组使用基因内所有 CpG 位点的平均甲基化值，这不太可能。或者，循环中存在的肿瘤 DNA 水平可能很低，导致基因特异性甲基化信号低。甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组研究的局限性在于它不包括健康对照。因此，与来自 NSCLC 患者的血样相比，来自健康对照的血样中甲基化的差异仍然是合理的，这将揭示 NSCLC 筛查的一个有价值的目标。尽管存在这种限制，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的结果因此表明这些不是甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组人群中早期筛查 NSCLC 的合适目标。
甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组还研究了异常甲基化与临床病理学特征之间的相关性。甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的研究结果表明，某些基因的甲基化可能与患者的某些临床病理学特征有关。启动子和组织病理学中多个 CpG 位点的甲基化比较表明，CDH13 的甲基化 (p<0.001) 在腺癌中更高。这与之前的报告形成对比，即高甲基化的流行在肺癌的主要组织学亚型之间无法区分。这种差异可能是由于暴露的差异和用于分析 DNA 甲基化的不同技术(10。另一方面，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的研究与报道的鳞状细胞癌和腺癌甲基化模式的差异一致。这种组织学发现与Toyooka 及其同事的报告一致。
Vaissiere 等人 的一项研究中的定量分析揭示了 RASSF1A 高甲基化与性别(男性表现出较高的甲基化水平)以及白金汉 (女性的 RASSF1A 甲基化水平较低)的相关性。在甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的研究中，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组发现 RASSF1A 高甲基化与性别没有关联。差异可能反映了分析和解释高甲基化状态的不同方法以及所研究的不同 CpG 位点 。
尽管衰老与某些基因的甲基化有关 ，但甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组没有发现RASSF1A、CDH13、MGMT、ESR1和DAPK基因中肿瘤甲基化的总体比例与年龄之间存在相关性。缺乏关联可能是由于甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的研究参与者的年龄范围狭窄(贼小和贼大年龄组仅相差 10 岁)。
此外，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组发现甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组研究的任何基因的高甲基化与吸烟状况都没有关联，因此需要进一步的研究来阐明吸烟在吸烟者特定基因表观遗传失活中的作用 。
总之，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组确认RASSF1A、CDH13和DAPK的高甲基化在 NSCLC 发病机制中发挥作用，但也表明这些基因不是甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组研究中纳入的中欧高加索人早期检测 NSCLC 的合适标志物。因此，其他潜在的 NSCLC 表观遗传生物标志物仍有待检查，以确定那些可能用作肺癌筛查工具的标志物。甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的数据表明，肺癌中一些更常见的表观遗传变化可能并不适合这一目的，因此需要对更大的基因组进行更多的研究。此外，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的研究揭示了特定基因中高甲基化与临床病理学特征的一些有趣关联。然而，由于规模限制，这些发现应被视为探索性的，并且仍有待在更大的队列中进行验证。
临床实践要点
肺癌中的 DNA 甲基化变化已得到充分证实，将这些知识转化为筛查具有显着改善健康的潜力。随着新的疾病筛查标志物的发现，有可能实现早期诊断，为癌症治疗做出更明智的选择，并确定与预后和治疗反应相关的标志物。据报道，许多基因在肺肿瘤中异常甲基化。在这里，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组使用亚硫酸氢盐焦磷酸测序研究了一组五个基因(RASSF1A、CDH13、MGMT、ESR1 和 DAPK)，以确定这些甲基化变化是否对肺肿瘤具有特异性，并测试这些变化是否可以在患者的血液样本中检测到。甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组还分析了 DNA 甲基化与临床病理学特征之间可能存在的关联。
甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组观察到与匹配的正常组织相比，肺肿瘤中的三个基因显着高甲基化，但是，在患者的血液样本中无法检测到这些变化。甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组证实了 RASSF1A、CDH13 和 DAPK 的高甲基化在 NSCLC 发病机制中起作用，但也表明这些基因不适合在甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组研究的中欧高加索人中早期检测 NSCLC。因此，其他潜在的 NSCLC 表观遗传生物标志物仍有待检查，以确定那些可能用作肺癌筛查工具的标志物。
此外，甲基化基因检测在肺癌中的应用课题组的研究揭示了特定基因中高甲基化与临床病理学特征的一些有趣关联，这些关联仍有待在更大的队列中进行验证。
Aberrant promoter methylation of CDH13 and MGMT genes is associated with clinicopathologic characteristics of primary non-small-cell lung carcinoma.
Kontic M, Stojsic J, Jovanovic D, Bunjevacki V, Ognjanovic S, Kuriger J, Puumala S, Nelson HH.
Clin Lung Cancer. 2012 Jul;13(4):297-303. doi: 10.1016/j.cllc.2011.11.003. Epub 2011 Dec 13.
PMID: 22169480
(责任编辑：佳学基因)
