【佳学基因检测】如何做视网膜色素变性基因检测？

视网膜色素变性基因检测导读：

由于 视网膜色素变性（RP）的临床多变性及其与其他遗传性视网膜疾病（IRD） 在疾病的临床表现上具有重叠性，仅根据医生观察到的临床症状进行诊断是不够的。因此，基因检测在视网膜色素变性（RP）的诊断和治疗中已变得不可或缺。随着RPE65相关遗传性视网膜疾病（IRD） 的基因疗法获批，以及针对一系列遗传性视网膜疾病（IRD） 相关基因的其他基因疗法的开始进行人体试验，在可用且负担得起的情况下为患者提供基因检测至关重要。基因检测可以评估患者是否有资格参加这些正在进行和即将进行的试验，并促进遗传咨询并提供更准确的临床预后。有几种可用的基因诊断技术，《眼科基因检测项目与机构》简要讨论这些方式的优缺点。

桑格尔测序

桑格尔测序是第一代测序技术，几十年来一直是 DNA 测序的黄金标准，至今仍被许多人视为单基因或低通量测序的黄金标准。桑格尔测序首先通过聚合酶链式反应扩增目标区域，然后进行多达 800 个碱基对的靶向测序。虽然桑格尔测序对于单基因测序快速且经济高效，但当需要对多个目标进行测序时，桑格尔测序的经济性和准和效果不如高通量测序。

下一代测序

新一代测序 (NGS) 也称为第二代测序，是目前遗传性视网膜疾病（IRD） 分子分析的主要方法。NGS 与桑格尔测序的区别在于，NGS 可以对多个样本的多个 DNA 部分进行并行测序（即多路复用）。由于使用此方法可以在短时间内对大量 DNA 和 RNA 片段进行测序，因此也称为高通量测序。目前，NGS 可以从基因上解析多达 60–80% 的所有已测序的 RP/IRD 患者。对于剩余的未解析患者，随着新的致病变异被发现以及新的生物信息学和数据分析工具随着时间的推移而开发出来，定期重新检查基因组数据可能会很有价值，基因解码方法是这一系列先进的综合分析过程的代表。在NGS中，有三种主要技术用于识别基因组变异：靶向基因测序、全外显子组测序（WES）和全基因组测序（WGS）。

靶向基因测序

靶向基因测序可以对与目标疾病有临床相关性的特定区域进行测序。对于 RP，可以创建一个定制的基因组，也叫做基因检测包，或者是基因检测panel，对与视网膜色素变性（RP）和相关遗传性视网膜疾病（IRD） 相关的所有外显子和内含子区域进行测序。靶向测序是视网膜色素变性（RP）初步筛查的有效方法，原因如下：它允许更大深度读取目标区域；区域是预先定义的，因此更有可能与临床相关；与 WES 和 全基因组测序（WGS)技术相比，样本筛查的成本和计算负担更低。但靶向基因测序不适用于检测导致疾病发生的新基因基因突变，不适用做鉴别诊断，因为这些新区域只有在通过基因解码技术加入到数据库后才能被纳入到靶向测序范围中，才会进行测序。如果发现了 视网膜色素变性（RP）的新基因，则需要重新设计和重新验证以前使用的基因检测包。

全外显子组测序

WES 专门针对蛋白质编码外显子，也称为外显子组，其约占患者整个基因组的 1-2%。WES 覆盖了整个外显子的 95% 以上，预计 85% 的所有致病变异都存在于其中。此外，WES 可以筛选靠近目标外显子的内含子变异，例如剪接位点变异。因此，WES 是一种可靠的扩大测序范围的序列信息获取工具，可用于检测基于数据库比对方法未检出的、由新型突变所导致视网膜色素变性（RP）患者的新型变异（大多是单基因变异），WES提供了可靠的测序范围，而基基因解码则采用了更先进的分析方法。WES 的主要限制是无法全面检测结构变异、拷贝数变异和染色体重排。

全基因组测序

全基因组测序（WGS)针对的是整个基因组，它由超过 30 亿个核苷酸组成，因此超过了前面提到的 NGS 技术的覆盖范围。这使 全基因组测序（WGS)能够发现使用 WES 未检测到的变异，包括拷贝数变异、基因间变异和深内含子变异。尽管全基因组测序（WGS)的覆盖范围更广，但也有几个缺点需要考虑。由于覆盖范围更广，全基因组测序（WGS)比任何其他 NGS 技术都能生成大量的信息，其中包括更多的二次和意外发现。与其他 NGS 技术相比，从 全基因组测序（WGS)获得的这些大型数据集需要更高水平的处理和分析，更不用说更大量的数据存储和更高的财务成本。基因解码基因检测是结合了大范围测序和先进数据分析方法的致病基因鉴定分析法。

如何做视网膜色素变性基因检测？基因检测建议

综上所述，考虑到RP发病机制中涉及的基因数量之多，NGS通常比传统的桑格尔测序更受青睐。在所有NGS技术中，靶向基因测序通常是基因筛查的主要方法。使用基于IRD的广泛基因组，可以通过单次测试最大限度地覆盖相关区域，并且与其他NGS技术相比，在灵敏度、成本效率和计算负担之间实现了最佳平衡。如果靶向基因组检测后仍无法解决根本原因，可以采用其他更高靶向性的测序技术（WES或WGS）来阐明疾病的确切遗传基础。还有较新的第三代测序技术，其采用实时DNA分子测序，允许更长的读取。但这些方法虽然被基因解码所采用，并未被其他大多数基因检测机构所采用。