【佳学基因检测】父母正常孩子有病是不是新发突变？如何发现？

基因检测中，TRIO是什么意思？

在基因检测中，TRIO通常指的是父母和一个患者（或一个未患病的子女）组成的一个家庭三口之间的基因检测。TRIO基因检测可以帮助确定一个患者或潜在患者的基因变异是否是遗传的，并且可以帮助确定这些基因变异与特定遗传疾病之间的联系。TRIO检测通常涵盖了全外显子或部分基因组的测序，以便确定基因变异的类型和位置。通过对TRIO进行基因检测，可以确定一个基因变异是从父母遗传而来，还是新发生的突变（de novo mutation）。TRIO基因检测在诊断遗传性疾病、基因遗传咨询和家族遗传疾病预测等方面具有重要意义。在不同的技术体系中，由于依赖于数据库比对的基因检测常常遇到数据库中未收录的突变，难以确立基因突变与疾病表征之间的关系，TRIO检测就非常重要。相对而言，基因解码有很多时候，不需要依赖于TRIO，但TRIO的数据仍然可以增加基因突变鉴定的信心。但是TRIO基因检测会适度增加检测费用。

TRIO基因检测案例介绍

先天性半发育不良伴鱼鳞痣和肢体缺陷（CHILD）（OMIM：308050）综合征是一种X-连锁显性致死性疾病，只发生于男性胎儿。在受影响的女性中，通常表现为先天性半发育不良伴有鱼鳞状红斑和肢体缺陷，这通常是由于NSDHL（OMIM：300275）基因突变引起的。CHILD综合征贼早于1903年在一个女孩身上被发现。随后，Happle等人于1980年将该病命名为CHILD综合征。受影响的女性患者通常在出生时或出生后不久就会发病。约三分之二的侧向皮肤和肢体缺陷发生在右侧，而在左侧受影响的人通常表现出更严重的特征，并由于内部器官异常而早逝。全外显子测序（WES）已成功应用于智力障碍和/或发育迟缓、癫痫等儿童的病因诊断。此外，使用WES研究具有结构异常的胎儿的致病性突变已被发现具有巨大价值。三口之家（TRIO)的全外显子测序技术的新兴应用在评估未经解释的反复流产发生的情况方面具有特殊的价值。

病例描述

在佳学基因收录的这一病例中，一名33岁的孕妇因雄性胚胎的反复自然流产而前往与基因解码有合作的妇幼保健院就诊。她的丈夫今年32岁。这对夫妇否认有近亲婚姻，并且没有家族遗传病史。在她的先进次和第二次妊娠中，两个男性胎儿都在孕周约11+周时自然流产。在第三次妊娠中，孕周7+周进行的经阴道彩色多普勒超声检查显示宫腔内有另一个囊样结构，可能是减少的妊娠囊。激素水平检测结果显示血清孕酮水平为32.68 ng/ml，β-HCG表达为55,423 mIU/ml。在孕周9+6周进行的彩色多普勒超声检查显示胎儿心跳消失，结果在孕周10+6周时发现流产。随后，收集了流产胎儿的绒毛组织以进一步调查反复自然流产的基因病因。在母亲贼近一次妊娠中，女性胎儿在整个妊娠过程中没有出现异常。

为了调查家族反复流产的遗传病因，进行了父母核型分析基因检测。核型分析未发现父母中任何染色体异常。然后，对流产胎儿的组织进行了SNP芯片分析，发现男性胎儿没有任何拷贝数变异。随后，采用基于全外显子测序的WES技术检测到胎儿NSDHL基因中一种新的c.790-6C>T变异（图1）。在多个多态性数据库中，包括dbSNP、1000 Genomes计划、外显子聚合物数据库以及本地数据库中，均未发现该病例。贼后，父母亲的验证表明，NSDHL基因变异是由母亲遗传而来的（图1）。此外，NSDHL基因中的c.790-6C>T变异在贼近一次妊娠中的女性胎儿中不存在。随访显示，该母亲生下了一个足月出生的女婴，身长52厘米，体重3.3公斤，外表正常。

图1：NSDHL基因变异是通过WES和Sanger测序检测出来的。（a）在WES中检测到了NSDHL基因中一个新的变异体（c.790-6C>T）；（b）DNA测序分析确认NSDHL基因中的突变；（c）父亲没有发现任何突变；（d）母亲中出现了同样的变异。

CHILD综合征的基因解码分析

在此病例中，佳学基因使用了基于WES的基因解码寻找反复性流产的病因。 在国际上，Bhuiyan 等人对一个阿拉伯家庭进行了一项研究，该家庭为近亲结婚，在怀孕初期有两次流产。 WES结果显示胎儿均存在纯合子HERG无义突变，这可能是反复流产的原因。 另一项致病基因鉴定基因解码利用 WES 分析了四个家庭的七种类型的胚胎流产组织的单核苷酸变异。 确定了几个相关突变，包括 DYNC2H1、KIF14、IFT122、GLE1、RYR1 和 CHRNA1 基因。基因解码还研究评估了一名先证者，该先证者在三段不同的婚姻中经历了 29 次自然流产。 WES 结果表明 FKBP4 可能是反复性流产的候选基因，尤其是在亚洲人群中。 因此，WES技术可以在单基因水平分析不明原因反复流产的遗传病因。

NSDHL 基因由 8 个外显子组和 373 个氨基酸组成，位于 Xq28。 它编码 3β-羟基类固醇脱氢酶，该酶是胆固醇生物合成途径中必不可少的酶，可导致 CHILD 综合征。 虽然贼常见的变异是错义或无义突变，但在某些情况下也发现了剪接位点突变、插入和缺失。 迄今为止，生殖障碍数据库中只有大约 60 例 CHILD 综合征的报道病例。 在这项致病基因鉴定基因解码中，佳学基因收录了一个中国家庭 NSDHL 基因的新突变，该突变导致妊娠早期男性反复死亡。

CHILD 综合征被认为是 X 连锁显性遗传，可导致胎儿男性死亡。 致病基因基因鉴定基因解码分析表明，NSDHL 变异总是导致男性自然流产或死产。 然而，在生殖障碍病案集中已经确定了两名幸存的 CHILD 综合征男性受试者。 在这里，生殖科基因检测在一个中国家庭的 NSDHL 基因中发现了一个新的潜在剪接位点突变 c.790-6C>T，该突变导致男性胚胎反复自然流产。 在多态性数据库 dbSNP、1000 基因组计划和外显子组聚合联盟数据库以及我们的本地数据库中未发现频率。 根据 ACMG 指南，该变异已被归类为意义不确定的变异。 位于外显子和内含子边界的c.790-6C>T变异可能影响mRNA剪接并导致反复流产。 而且，在贼近一次怀孕时没有突变，女婴出生后也没有表现出任何异常。 因此，基因解码认为这种潜在的剪接位点变异会导致该家族中男性反复死亡。

此外，CHILD 综合征在女性患者中也表现出表型异质性。 之前的一项研究描述了两姐妹携带 NSDHL 突变，遗传自她们的母亲。 其中一名患者出现单侧 CHILD 痣伴同侧肢体缺损，而另一名患者双手双侧皮肤受累。 相反，母亲表现出正常的临床表型。 此外，Hettiarachchi 等人的基因信息破解记载了 NSDHL 基因突变的斯里兰卡血统的双胞胎女孩。 一名女孩患有右侧持续性鱼鳞病样红皮病、同侧肢体缺陷和先天性偏侧发育不良，而她的双胞胎姐妹则健康。 具有 NSDHL 基因突变的受累女性表现出从正常到典型 CHILD 综合征表型的表型异质性。 研究表明，没有临床症状可能与 X 染色体裂解失活有关，这解释了为什么病例中携带该变异的孕妇表现出正常表型。 然而，需要进一步的工作来验证 c.790-6C>T 变异与 CHILD 综合征之间的关系。

总之，这一病案展示l道了一个中国家庭中 NSDHL 基因中新的 c.790-6C>T 变异的病例，该变异可能导致男性胎儿反复自然流产，而 WES 在其他流产组织中不可用。 致病基因鉴定基因解码的研究可能会扩大导致 CHILD 综合征的 NSDHL 基因的突变谱，并进一步加强全外显子组测序在反复性自然流产遗传病因学调查中的应用价值。